分子模拟，化学信息学与人工智能

(1) 1981-09 至 1985-07, 安徽大学, 学士学位

(2) 1985-09 至 1988-07, 中国科学技术大学, 硕士学位

(3) 1991-09 至 1994-07, 中国科学技术大学, 博士学位

(4) 1994-10 至 1995-09, 法国南锡大学，博士后研究

(5) 1988-07 至 1992-05, 中国科学技术大学, 生物系, 讲师

(6) 1992-05 至 1998-05, 中国科学技术大学, 化学物理系, 讲师

(7) 1998-05 至 2002-01, 中国科学技术大学, 化学与材料学院, 副教授

(8) 2002-01 至 2005-07, 中国科学技术大学, 化学与材料学院, 教授

(9) 2005-08 至 今, bevictor伟德国际1946, 1946源于英国, 教授

主要从事分子模拟、化学信息学与人工智能领域的研究工作, 发展了一系列增强采样和自由能计算新方法，开展了一系列新算法在复杂化学和生物过程、蛋白质-配体结合自由能计算以及分子机器运动机制和抗冻蛋白抗冻机制解析中的应用研究。并利用最新提出的增强采样方法开发了开源标准结合自由能计算软件BFEE和更新版本BFEE2。主持多项国家自然基金项目和国际合作交流项目。近期正在开展基于人工智能的抗菌肽从头设计和分子模拟新方法及应用研究。在Nat. Proc., J. Am. Chem. Soc., Acc. Chem. Res., Chem. Sci.等SCI期刊发表论文300余篇。

部分代表作：

(1) Fu, H. H.; Shao, X. G.; Chipot, C.; Cai, W. S. Extended Adaptive Biasing Force Algorithm. An on-the-Fly Implementation for Accurate Free-Energy Calculations. J. Chem. Theory Comput. 2016, 12, 3506-3513.

(2) Fu, H. H.; Shao, X. G.; Chipot, C.; Cai, W. S. The Lubricating Role of Water in the Shuttling of Rotaxanes. Chem. Sci., 2017, 8, 5087-5094.

(3) Fu, H. H.; Shao, X. G.; Cai, W. S.; Chipot, C. Taming Rugged Free Energy Landscapes Using an Average Force. Acc. Chem. Res. 2019, 52, 3254−3264.

(4) Zong, Z. Y.; Li, Q. Y.; Hong, Z. Y.; Fu, H. H.; Cai, W. S.; Chipot, C.; Jiang, H. F.; Zhang, D. Y.; Chen, S. L.; Shao, X. G. Lysine Mutation of the Claw-Arm-Like Loop Accelerates Catalysis by Cellobiohydrolases. J. Am. Chem. Soc. 2019, 141, 14451−14459.

(5) Fu, H. H.; Chen, H. C.; Cai, W. S.; Shao, X. G.; Chipot, C. BFEE2: Automated, Streamlined, and Accurate Absolute Binding Free-Energy Calculations. J. Chem. Inf. Model. 2021, 61, 2116−2123.

(6) Fu, H. H.; Chen, H. C.; Blazhynska, M; De Lacam, E.G.C.; Szczepaniak, F.; Pavlova, A; Shao, X. G.; Gumbart, J. C.; Dehez, F.; Roux, B.; Cai, W. S.; Chipot, C. Accurate Determination of Protein:Ligand Standard Binding Free Energies from Molecular Dynamics Simulations. Nat. Protoc. 2022, 17(4), 1114-1141.

(7) Shao, D. H.; Zhang, Z. T.; Liu, X. Y.; Fu, H. H.; Shao, X. G.; Cai, W. S. Screening Fast-mode Motion in Collective Variable Discovery for Biochemical Processes. J. Chem. Theory Comput. 2024, 20(23), 10393-10405.

(8) Fu, H. H.; Bian, H. W.; Shao, X. G.; Cai, W. S. Collective Variable-Based Enhanced Sampling: From Human Learning to Machine Learning. J. Phys. Chem. Lett. 2024,15(6), 1774−1783.

(9) Hao, Y. L.; Liu, X. Y.; Fu, H. H.; Shao, X. G.; Cai, W. C. PGAT-ABPp: harnessing protein language models and graph attention networks for antibacterial peptide identification with remarkable accuracy. Bioinformatics, 2024, 40(8), btae497.

(10) Tian, C. S.; Hao, Y. L.; Fu, H. H.; Shao, X. G.; Cai. W. S. From AI-Driven Sequence Generation to Molecular Simulation: A Comprehensive Framework for Antimicrobial Peptide Discovery. J. Chem. Inf. Model. 2025, 65(18), 9566-9575.

人才培养

培养硕士研究生、博士研究生40人